关于大陆居民进出台湾

最近有两个同事去台湾， 都是business trip，办的都是商务签证。
首先都 需要台湾那边的同事帮忙从台湾办理“中华民国台湾地区入出境许可证”，一张小绿纸……
一个同事是直飞台湾的。在天朝办理的“大陆居民往来台湾通行证”在申请过程中数次被退回，理由有台湾出具的各种邀请函之类的文件中均不能出现“中华民国”的字样，等等。
另外一个同事先飞香港， 然后从香港飞台湾，这样好像就可以不需要那个通行证了……但是台湾方面的东西还是要办理的。