基于DKE开源软件的DKI数据批处理教程
基于DKE开源软件的DKI数据批处理
在之前的技术帖中，我们给大家详细展示了磁敏感定量(QSM)成像的开源软件STISuite的使用方法，以及批量处理的实施方案。此外，就如何将QSM配准到标准脑空间(MNI),也进行了详细的讲解(可自行查找之前的帖子)。
在这里，我们再介绍一个非常常用的技术DKI的后处理软件DKE。考虑到做基于DKI的人工智能或者影像组学的话，我们需要具备批量处理200+以上的DKI数据能力。而如果我们每次用DKE软件，一个一个case去处理的话，需要花费接近20分钟的时间，实在是太消耗时间了。
1、DKE软件下载
DKE(Diffusion Kurtosis Estimator)是一个免费开源的软件，可以在如下链接下载。如果链接失效的话，可以直接google检索新的下载地址，或者联系[大师兄]索取下载链接。
http://academicdepartments.musc.edu/cbi/dki/DKE/dke_download.htm
2、DKE软件安装
建议大家在windows下面安装使用，如在MAC或者Linux下安装使用的话，原理想通，但不在本贴介绍范围内。
DKE软件基于MATLAB软件，因此，在安装DKE之前，需要安装MATLAB Compiler Runtime 2012a (MCR Version 7.17, http://www.mathworks.com/products/compiler/mcr/ ), 这里一定要选对版本号，不然DKE无法正常使用。
MATLAB安装完成后，双击DKE安装程序进行软件安装。DKE是虽然可以处理DICOM格式的数据，但是需要安装SPM，用起来比较麻烦，还是建议大家用4D NII格式的数据，可以用MRICron软件里面的dcm2niigui来转化数据格式 （不会用的，自行百度解决）。
3、DKE-单个subject处理
此处，可参考DKE自带的官方英文手册。有几个地方需要注意：
a、 input是4D NII格式的数据，可以有多个b0数据；命名格式为：
DKE_alldata (一级目录)
---sub001 (二级目录)
---4d.nii (dki数据命名，这里推荐统一采用4d命名所有dki数据)
b、B-values这个地方需要根据自己的参数进行调整；
c、Gradient Vectors需要设置成相对应的梯度，这里仅需要输入对应一个b值（不等于0）的方向即可；
d、因为DKI的数据处理很慢，这里不建议做spatial smoothing, 可以根据需要，后续用SPM软件进行设置；
e、不建议做插值处理，保持原有的分辨率即可。
f、必须要完成一个subject的处理，并得到数据分析结果，确认结果没有问题，才能进行后续的批处理分析。
4、DKE-批量数据处理
在成功处理一个subject的基础上，开始进行批处理。在上一步的结果文件夹中，可以看到生成了一个参数文件 DKEParameters.dat, 用写字板打开，修改参数。
总体来说，这里只需要修改文件路径，及增加subject list就可以了，并确认DKI数据的命名即可。此外，还需要把所有的数据按照如下路径整理：
DKE_alldata (一级目录)
---sub001 (二级目录)
---4d.nii (dki数据命名，这里推荐统一采用4d命名所有dki数据)
---sub002 (二级目录)
---4d.nii (dki数据命名，这里推荐统一采用4d命名所有dki数据)
---sub003 (二级目录)
---4d.nii (dki数据命名，这里推荐统一采用4d命名所有dki数据)
修改完参数后，保存。并把保存后的参数copy到DKE的安装目录下，一般默认的话是在C:\Program Files\DKE路径下。
最后，打开window的命令提示符窗口。点击开始菜单，输入cmd即可打开。在cmd窗口中输入如下命令，即可执行批处理：
如果出现同样的提示语，代表批处理设置成功，数据正在运行中（电脑声音开始变的很大，DKE处理很消耗内存）
