人类与传染性疾病的500万年殊死搏斗
数百万年以来，人类及其祖先始终都在遭受着病痛的折磨。有些疾病是由细菌和病毒等传染性病原体导致，有些则是由身体的衰老和退行引发。在这段漫长岁月里，人类不断创造新的生活和饮食方式以避免感染，另外，人类的基因也在持续演化，以减少这些疾病的影响。然而，对于细菌和病毒而言，人类宿主体质和行为习惯的任何改变，都不会是难以逾越的障碍，而只是等待着被克服的挑战。最终，随着人类生活方式的每一次重大改变，新的疾病也接踵而至。
将近500万年的时间里，人类都是以小群体的形式，流浪散居在广袤的土地上。这样的生活方式使得传染性疾病毫无用武之地。然而，一万年前的农业革命，使得人类开始大规模地定居和聚居，进而导致了人类历史上的首次流行病学转变：传染性疾病和营养性疾病不断增加。到了19世纪，随着公共卫生措施的兴起，以及营养和药物的改善，发达国家的部分人口开启了第二次流行病学转变。在这次转变过程中，传染性疾病减少，非传染性疾病、慢性病和退行性疾病不断增加。如今，由于抗生素的广泛使用和滥用，我们正经历着第三次流行病学转变，传染病再度降临，病原体不仅对抗生素产生了抗药性，还极有有可能在全球范围内迅速传播。
旧石器时代里的疾病
自诞生以来的绝大多数岁月里，人类都是稀稀落落地生活在小规模采集狩猎群体中。整个旧石器时代，人类种群的规模和密度都是小之又小。也正因此，人类祖先根本无法支撑起群体性疾病的持续传播。像流感、麻疹、腮腺炎和天花这样的传染病都需要大量的宿主人口，因而也根本无法出现在旧石器时代的疾病谱系中。
演化生物学家波尔格认为，采猎者祖先们在适应环境的过程中要应对两种疾病。一种疾病是那些中新世便已存在，并伴随着人类一同演化的寄生生物，如虱子和蛲虫。疟疾很可能也包括其中，因为传播疟疾的按蚊便是演化自中新世。第二类疾病是人畜共患病，也就是那些以动物为主要宿主，偶尔感染人类的疾病。人类可能会因为昆虫叮咬、接触和食用带菌肉，以及受到动物抓咬而感染人畜共患病。昏睡病、破伤风、斑疹伤寒和回归热都可能折磨过我们的采集狩猎人祖先。
第一次流行病学转变：大瘟疫与大饥荒时代
农业的发明同时也增加了人类的疾病发病率和严重程度。在采集狩猎群体中，男男女女们会频繁地移动营地和离开营地，这种生活方式有效地减少他们与自身排泄物的接触。而农业生产则要求人们定居下来；我们可以想象到，人类与排泄物的接触必然会增加各种寄生虫疾病的传播。另外，生活区和垃圾堆放区与水源的过度接近，还会导致严重的水污染。
动物的驯化带来了稳定的病原体供应以及更大的人畜共患病感染风险。人畜共患传染病很可能会因为家养动物，如山羊、绵羊、牛、猪和家禽，以及其他有违本意的家养动物，如啮齿动物和麻雀而增加。后两种动物已经将人类的住所选定为了它们的永久栖息地。农业活动还要求人们建造更多的水池，而这同时也增加了蚊子的繁殖场所。其中最好的例子是埃及伊蚊，它们在露天静水池中繁殖，并且会传播黄热病和登革热。很多传播病原体的生物都是以这样的方式，与人类的栖息地形成了依赖关系。
农耕文明还带来了一些狩猎采集群体不太常遇到的膳食性疾病。人类从多样化的均衡饮食结构，转变为了仅包含较少种类食物的单一饮食结构。努比亚人史前的集约农业生产，使得他们严重依赖谷物，从而导致了缺铁性贫血的疾病。此外，食物的大量储存和广泛分发，还可能会导致食物中毒的爆发。最后，社会结构的复杂化、阶层差异、流行病以及营养缺乏，还可能会共同导致古代的农民感受到较大的精神压力。
城市的兴起也发生在人类历史的这段时期。在中东，公元前3000年就有了5万人口的城市。而在美洲，公元600年也建立起了大型的城市定居点。新兴的城市让清除人类生活废物和提供洁净水源的工作更加困难。霍乱会通过受污染的水传播。而曾经席卷欧洲的黑死病（鼠疫），则可以借由鼠蚤叮咬和呼吸道感染在人与人之间大范围扩散。诸如麻疹、腮腺炎、水痘和天花等病毒性疾病，也可以借由这种人传人的方式在人群中迅速传播。并且，某一地区的流行病，可能会成为另一地区的巨大灾难。西方学界认为14世纪的黑死病源自中国西部，并随着蒙古军的西征而传至欧洲。最终，这场瘟疫夺走了2500万欧洲人的生命。
人类向新地区的探索和扩张，会导致缺乏抵抗力的本地人群，感染上新的疾病。例如，对新大陆（美洲）的探索致使梅毒从当地传至了欧洲。梅毒在美洲仅仅是一种地方性疾病，并且不会通过性途径传播。然而，梅毒来到欧洲后，传播方式发生了改变。梅毒的性途径传播为病原体创造了新的生存环境，并令其成为了严重的急性传染病。而城市文明的拥挤和逐渐兴起的性开放文化，是其借助性途径扩散的关键。
第二次流行病学转变：慢性病和退行性疾病的崛起
在过去的200年，发达国家经历了第二次流行病学转变，即急性传染病向慢性非传染性疾病和退行性疾病的转变。工业革命之初，工业废料造成的空气和水污染必然曾经让城市居民饱受困扰，并因此而患上各类呼吸道疾病。但这段时期的主题，依旧会是医疗水平的发展、人口营养的改善以及公共卫生措施的增加。
随着科技和医学的持续进步，微生物致病理论得到了长足的发展。人们对传染病的来源有了更清晰的了解，而这无可辩驳地促成了人类对许多传染病的有效控制。免疫接种的应用还进一步帮助人类，杜绝了许多传染病的感染可能，例如，在1980年，人类彻底根除了天花。人类的预期寿命不断增加，老龄人口也越来越多，他们开始经历慢性病和退行性疾病发病率的持续上升。在此期间，由慢性疾病如心力衰竭、癌症和糖尿病引起的死亡变得更加普遍。
除了上述慢性疾病的增加外，许多研究人员还注意到，自20世纪后半叶起，过敏和免疫系统疾病开始明显增加。过敏性鼻炎就是其中最常见的一种。“卫生假说”认为，在高收入国家，儿童缺乏接触感染性病原体和共生微生物的机会，因而更容易发展出由免疫系统变化所导致的过敏性疾病。最后（雷神），久坐不动的生活方式，以及对高热量食物的大量摄入，还共同导致了肥胖症的流行。
第三次流行病学转变
如今，我们正在经历第三次流行病学转变。其特点，就是过去认为已经得到控制的传染病的再度盛行，以及新疾病的不断涌现。此外，全球化还使得这类疾病的传播变得更加迅速和广泛。世界卫生组织报告说，2018年共计有150万人死于结核病，有将近4000万人感染了艾滋病毒。
传染病的重新出现成为了过去30年里最有趣的演化故事，并引起了科学家和公众的广泛兴趣。香港电影《伊波拉病毒》就是以肆虐非洲的埃博拉病毒（Ebola virus）为背景创作，它试图抓住人们对于这种致命疾病的迷恋心理。其他的热门传染病还有轮状病毒、嗜肺军团菌、韩国出血热（汉坦病毒）、甲流（H1N1）、SARS和今天的新型冠状病毒，而这其中有很多都是人畜共患病。
疾病的出现是全球生态中社会、人口和环境的变化与微生物的适应及遗传相互作用的结果，受到国际贸易和旅行、技术变化、公共卫生措施失效以及微生物适应的影响。例如，农业发展、水坝、森林砍伐、洪水、干旱和气候变迁等生态变化导致了阿根廷出血热、韩国出血热和汉坦病毒肺综合征等疾病的出现。人类性观念态度的改变，则是HIV和其他性疾病产生和传播的原因之一。而抗生素的滥用，则成为了旧的病原体形成抗药性后卷土重来的根源。
全球化早已不是什么新兴现象，而是被不断增强的现实。起初，全球化对全球疾病格局最引人注目的影响，发生在欧洲探险家登陆美洲之后。据估计，有数百万印第安人死于欧洲人所带来的麻疹和天花等疾病，而这也成为了欧洲人成功殖民美洲的重要原因。现如今，交通工具是如此地便捷，它加速了人类与病原体的接触；当生病的旅客踏上旅途时，非洲的病毒可以迅速进入北美。正是因此，新发疾病的发生率及其传染性正以越来越快的速度影响着世界各个地区的人口，人类也开始不得不更加重视传染性疾病的全球防控。
