鱼转录组测序系列文章之五：鳜鱼转录组测序
鳜鱼（Siniperca chuatsi）为重要的经济鱼类，是分布很广的淡水鱼类。鳜鱼易受病毒侵染，严重影响鳜鱼的产量及经济价值。为阐明鳜鱼的感病机理及免疫机制，华中农业大学林蠡教授和他的团队应用转录组从头测序方法，对未感染和感染传染性脾肾坏死病毒（ISKNV）24h和72h的鳜鱼脑细胞进行了基因转录水平的研究，结果为ISKNV致病的机制提供了新的见解。研究成果Transcriptomic analysis of Mandarin fish brain cells infected with infectious spleen and kidney necrosis virus with an emphasis on retinoic acid-inducible gene 1-like receptors and apoptosis pathways 于近期发表在Fish & Shellfish Immunology（影响因子2.674）杂志上。鳜鱼的转录组测序及信息分析工作，由上海派森诺生物科技股份有限公司完成，这也是派森诺生物继两篇比目鱼转录组测序、一篇武昌鱼转录组测序、一篇青海湖裸鲤转录组测序后的第五篇鱼类转录组测序文章。
研究人员以未感染和感染了传染性脾肾坏死病毒的鳜鱼为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000平台对鳜鱼脑细胞进行转录组测序分析。共获得了96,206,040条高质量的reads，经过软件拼接组装，得到了 66,787 个unigenes 。感染病毒24h和72 h后的样本与未感染病毒的脑细胞样本相比，分别有10834和7584个基因差异表达，其中包括上调基因5445和3766个，下调基因5389和3818个。另外，研究通过qPCR实验验证了12个差异表达基因，这些差异表达基因参与了许多病毒发病机理的路径。
对这些主要的差异表达基因的RLRs通路和细胞凋亡通路进行进一步分析结果显示：RLRs通路中ISKNV感染会通过高表达IKKB-α和IKKB-β以及低表达与激酶4(IRAK4)受体关联的白细胞介素-1抑制NF-kB的活性；细胞凋亡通路中ISKNV感染主要是通过肿瘤坏死因子(TNF)介导的外源途径诱导细胞凋亡。这些结果为ISKNV致病的机制提供了新的见解；同时该研究获得了大量的表达差异的unigenes，说明利用Illumina HiSeq 2000平台可以快速而有效地获取鳜鱼脑细胞的转录本信息。
分析结果展示：
原文索引：Hu X, Fu X, Li N, et al. Transcriptomic analysis of Mandarin fish brain cells infected with infectious spleen and kidney necrosis virus with an emphasis on retinoic acid-inducible gene 1-like receptors and apoptosis pathways[J]. Fish & Shellfish Immunology, 2015, 45:619–629. doi:10.1016/j.fsi.2015.05.007
文章链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25982401
本文由派森诺RNA-Seq团队乔慧莹整理
研究人员以未感染和感染了传染性脾肾坏死病毒的鳜鱼为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000平台对鳜鱼脑细胞进行转录组测序分析。共获得了96,206,040条高质量的reads，经过软件拼接组装，得到了 66,787 个unigenes 。感染病毒24h和72 h后的样本与未感染病毒的脑细胞样本相比，分别有10834和7584个基因差异表达，其中包括上调基因5445和3766个，下调基因5389和3818个。另外，研究通过qPCR实验验证了12个差异表达基因，这些差异表达基因参与了许多病毒发病机理的路径。
对这些主要的差异表达基因的RLRs通路和细胞凋亡通路进行进一步分析结果显示：RLRs通路中ISKNV感染会通过高表达IKKB-α和IKKB-β以及低表达与激酶4(IRAK4)受体关联的白细胞介素-1抑制NF-kB的活性；细胞凋亡通路中ISKNV感染主要是通过肿瘤坏死因子(TNF)介导的外源途径诱导细胞凋亡。这些结果为ISKNV致病的机制提供了新的见解；同时该研究获得了大量的表达差异的unigenes，说明利用Illumina HiSeq 2000平台可以快速而有效地获取鳜鱼脑细胞的转录本信息。
分析结果展示：
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图1 GO基因功能注释 |
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图2 COG基因功能注释 |
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图3 表达差异基因GO富集分析 |
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图4 qPCR验证 |
原文索引：Hu X, Fu X, Li N, et al. Transcriptomic analysis of Mandarin fish brain cells infected with infectious spleen and kidney necrosis virus with an emphasis on retinoic acid-inducible gene 1-like receptors and apoptosis pathways[J]. Fish & Shellfish Immunology, 2015, 45:619–629. doi:10.1016/j.fsi.2015.05.007
文章链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25982401
本文由派森诺RNA-Seq团队乔慧莹整理
