关于blast+ 的使用方法
现在blast+ 已经出到2.2.27版本了，2012年9月11日编译的。
Blast+中将Legecy Blast中的formatdb换成了makeblastdb程序，目的同样是将本地的数据库文件格式化为BLAST程序可以识别的样子，format成功以后会生成几个引导文件。 新的makeblastdb和以前的参数不太一样，简单介绍下用法。
「预备知识」 1、认识不同序列格式 2、命令行的基本操作
1.Download
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
2.将主要程序加入环境变量，这样以后用的时候就不用输入地址了（在Mac里我都是直接将其拖到/Usr/Bin/）
一般用到的格式如下两种：
makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
3.对某个核苷酸序列进行Blastn，用以下命令：
blastn –query text_query.txt –db db_name –out output.txt
参考：http://linxiao.name/archives/86
http://www.yelinsky.com/blog/archives/421.html
http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201061935513495/
http://www.vcu.edu/csbc/bbsi/inst/archives/bioinf/SetupLocalBlast.html
发现一个人写的很不错的文章：http://linxiao.name/archives/80
关于blast+的其它文章：
http://www.plob.org/2012/10/13/4326.html
http://www.plob.org/2012/09/30/3860.html
http://www.plob.org/2012/06/04/2011.html
Blast+中将Legecy Blast中的formatdb换成了makeblastdb程序，目的同样是将本地的数据库文件格式化为BLAST程序可以识别的样子，format成功以后会生成几个引导文件。 新的makeblastdb和以前的参数不太一样，简单介绍下用法。
「预备知识」 1、认识不同序列格式 2、命令行的基本操作
1.Download
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
2.将主要程序加入环境变量，这样以后用的时候就不用输入地址了（在Mac里我都是直接将其拖到/Usr/Bin/）
一般用到的格式如下两种：
makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
3.对某个核苷酸序列进行Blastn，用以下命令：
blastn –query text_query.txt –db db_name –out output.txt
参考：http://linxiao.name/archives/86
http://www.yelinsky.com/blog/archives/421.html
http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201061935513495/
http://www.vcu.edu/csbc/bbsi/inst/archives/bioinf/SetupLocalBlast.html
发现一个人写的很不错的文章：http://linxiao.name/archives/80
关于blast+的其它文章：
http://www.plob.org/2012/10/13/4326.html
http://www.plob.org/2012/09/30/3860.html
http://www.plob.org/2012/06/04/2011.html
