用mothur进行rarefaction curve分析

前面进行了dist.seqs这个命令后，还需要对文件进行
read.dist(这个命令在最新的mothur已经不存在了，可以直接进入下一个——cluster)
cluster
如果必要还需要
read.otu
summary.single
在cluster这一步已经产生了*.fn.list文件
接下来要把所有样品的fasta都进行unique.seqs，align.seqs，filter.seqs，dist.seqs，read.dist，cluster 这些命令 处理。
然后把所有样品的fasta 制作一个groups文件
最后用make.shared命令读取前面的fn.list和groups文件，制作一个shared文件。
接下来有两种方法用rarefaction.single命令
1.对*.fn.list执行 rarefaction.single
2.对*.fn.shared执行rarefaction.single
参考：
http://www.mothur.org/wiki/Schloss_SOP
http://www.mothur.org/wiki/Make.shared
http://www.mothur.org/wiki/Rarefaction.single
http://www.mothur.org/wiki/Summary.single