2019冠状病毒传播起源初探（其一）

2020年1月24日，武汉金银滩医院统计了41位中重症患者的临床症状，并在医学期刊The Lancet（柳叶刀）上发表题为【Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China（受中国武汉2019新型冠状病毒感染的患者的临床特征）】的专文，分享了感染者临床症状的表现统计，但未透露关于第一例感染者的详细信息。一直以来，华南海鲜市场被广泛认为是传播的始发地，但查看这篇文章的图表一（Figure 1）不难发现，2019年12月1日出现的第一名感染者，并没有华南海鲜市场接触史。12月8日确证的三位感染者中的两位亦没有接触过华南海鲜市场。

图表一显示2019年12月1日出现的第一名感染者，并没有华南海鲜市场接触史。12月8日确证的三位感染者中的两位亦没有接触过华南海鲜市场。

而即使很多野生动物身上携带冠状病毒，这些冠状病毒是通过何种方式（如接触或摄入）进入人体，并因何种外部条件变异成可以感染人体的病毒，也一直未找到令人满意的解答。另外，如野生动物传播说成立，何以只有武汉人被感染呢？暂且不说中国其他省市也有喜欢吃野生动物的人，东南亚诸国皆不乏嗜食野味者，即使不像武汉这般大面积爆发，也应该是多地同时发现疫情。然而目前中国其他地域与其他国家的确诊患者，都是由武汉输入的感染者传染。这样不合逻辑的现象，只能用【武汉的野生动物比较特殊，最先感染人的方式也比较特殊，是其他地域无法复制的】这一说法来解释。那到底特殊在哪，第一例感染者又究竟是如何被感染的呢？

这次的冠状病毒被命名成新型冠状病毒，是因为是之前未发现过与之完全相同的正链单股RNA冠状病毒。南开大学生命科学院、医学院及东部战区总医院联合发布的一篇题为【武汉2019冠状病毒基因组的生物信息学分析】的论文中，通过对病毒基因组的分析，倾向于认为这一冠状病毒源自中华菊头蝠（Horseshoe bat），因beta冠状病毒存在大量的可变翻译而体现出与SARS冠状病毒的差异。中国疾病预防控制中心在分离毒株并经过生物体外培养后，也承认新型冠状病毒在基因序列上与蝙蝠携带的类SARS病毒变种有约86%的相似性。如果我们假设这次的新型冠状病毒就是从蝙蝠携带的类SARS病毒变种变异产生的，那它是如何获得对人类的可感染性呢？我们不妨从病毒的Envelope Protein（覆膜蛋白）入手。

Envelope Protein（覆膜蛋白）的位置

菊头蝠

病毒的覆膜（viral envelope），覆盖在病毒的保护性蛋白质核衣壳（protective protein capsid）上，在病毒进入细胞后会与宿体的细胞膜相融合。不同的覆膜蛋白，对病毒进行基因传输（gene transfer）的效率有很显著的影响。比如HIV病毒的覆膜蛋白（如rgp160 和rgp120）因快速进行着进化与变异，极大地削弱了抗体（antibody）的有效性。在U.S. National Library of Medicine - National Center for Biotechnology Information（美国国家图书馆医学部--生物科技资讯中心）的基因资料库（GenBank）中，我们可以查询新型冠状病毒的详细序列（见下图），目前共收入不同采集时间与地域的24个样本。因测量与采集的方式不同，各样本的序列存在一些细微差异。

基因资料库中的新型冠状病毒样本序列（一）

基因资料库中的新型冠状病毒样本序列（二）

其中最新采集的几例，分别是1月22日、1月23日在美国加利福尼亚州采集的两例与1月22日在阿利桑那州采集的一例，因采集程序严谨，且检测出的覆膜蛋白序列完全相同，可作为我们的主要研究对象。将这个序列输入生物科技资讯中心的Basic Local Alignment Search Tool 搜索引擎，检索是否存在其他与之序列相似的病毒覆膜蛋白，结果令人惊异。根据比对，一种蝙蝠携带的类SARS病毒的覆膜蛋白与武汉发现的新型冠状病毒覆膜蛋白相似度竟达到100%（见下图）。

美国加利福尼亚州采集的样本

病毒覆膜蛋白的序列

生物科技资讯中心的BLAST搜索引擎

在搜索引擎中输入新型冠状病毒样本的覆膜蛋白序列

搜索结果显示一种蝙蝠携带的类SARS病毒的覆膜蛋白与武汉发现的新型冠状病毒覆膜蛋白相似度为100%

详细的对比图

这种蝙蝠携带的类SARS病毒的基因信息，由南京军事医学研究院在2018年3月28日提交。而相关的论文，如【Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats（中国蝙蝠携带的新型类SARS冠状病毒的基因组表征与传染性）】发表于2018年9月12日，作者来自第三军医大学，浙江大学医学院与江苏省疾病预防控制中心，文章讨论了这种新型类SARS病毒跨物种传播的可能性。而观察与研究这种病毒的场所，是BSL-4 (P4) 级别的中国科学院武汉病毒研究所 。据中国官方期刊【Biosafety and Health （生物安全与健康）】的主编吴桂珍的介绍，【在2004年发生实验室SARS病毒泄露事件后，中国卫生部启动了保存SARS、其他冠状病毒和流行性强的流感病毒等高级别病原体实验室的建设】。建设成果即是中国科学院武汉病毒研究所。武汉病毒所配备了动物研究设备，且中国的动物研究法规相较西方宽松很多。美国生物安全咨询公司CHROME的创始人Tim Trevan就表示，要研究冠状病毒的治疗方法与疫苗，在人体测试前的最后一步是让动物感染。而美国新泽西州罗格斯大学分子生物学家Richard Ebright博士则表示，此类实验具有不可预测的危险性，【动物可能飞、跑、抓挠及咬人，它们携带的病毒散布在指甲与牙齿上】。

南京军事医学研究院提交的由蝙蝠携带的类SARS病毒的基因信息，提交日期2018年3月28日

早在2007年，武汉病毒所（当时还并非P4等级）的【石正丽和崔杰课题组】便在中国各地采集了数千只马蹄蝠样本进行观测。武汉病毒所亦对蝙蝠的15种病毒株的基因组进行测序，发现它们包含了构成感染人类的病毒的所有基因片段。武汉病毒所在变为P4等级后并未放弃对蝙蝠研究的兴趣，以病毒所的名义发表过多篇论文，如2017年的【Novel bat adenoviruses with low G+C content shed new light on the evolution of adenoviruses（低G+C含量的新型蝙蝠腺病毒为腺病毒的进化提供的新启示）】，及2019年的【Rapid and Specific Detection of All Known Nipah virus Strains' Sequences With Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal Amplification (通过逆转录环介导等温扩增法对所有已知尼帕病毒株序列做针对性的快速侦测)】。后一篇提到了武汉病毒所将泰国蝙蝠的RNAs与其他基因分离株合成，并将合成物插入pUC57载体。

武汉病毒所将泰国蝙蝠的RNAS与其他基因分离株合成，并将合成物插入pUC57载体

谈回病毒覆膜蛋白，正常理解中，新型冠状病毒具有感染人体的特征，是因为某些外部条件触发了蝙蝠携带的类SARS病毒的自然突变。然而自然变异发生时，理论上病毒覆膜蛋白的序列不可能不发生任何改变。基于此，根据目前掌握的信息推断，并不能排除「新型冠状病毒是通过基因编辑蝙蝠携带的类SARS病毒而得到的产物」这一假设。

（下一篇将从检视相关部门调查感染源的方式，分析蝙蝠携带的类SARS病毒经过何种突变具有了对人的传染性，以及讨论武汉病毒所一位研究者及其团队从事的特定研究這三个角度，进一步探究2019年新型冠状病毒的传播起源）

（第二篇傳送門：https://www.douban.com/doubanapp/dispatch?uri=/note/750424924/&dt_dapp=1）