通关之后
1.全收集有230发导弹，50发超级导弹，50发超级炸弹，14个能量罐，4个备用能量罐
2.能力上有球形，球形跳，高跳，空间跳（空中左右可以连续无限跳跃），旋转闪电（空中跳跃球形闪电有必杀效果），加速靴，加速蓄力冲刺，蹬墙跳，电光索（抓住特殊地形和特殊敌人左右荡跳），x光（透视地形查看隐藏）
3.枪械能力有冷冻，波动，穿透，蓄力，炸弹，超级炸弹，导弹，超级导弹
4.装甲有强化装甲（增加防御力），重力装甲（水中可以自由行动）
5.最后到达母脑中控区，杀掉全部metroid和母脑，逃离中控区，回到飞船离开即将爆炸的海盗星球。期间前作救出来的小metroid已经长大在即将吸收完萨姆斯时将其认出，并在最后与母脑战斗中救下萨姆斯，算是救了萨姆斯两次，《融合》里是第三次救萨姆斯。
6.教萨姆斯蓄力冲刺和蹬墙跳的小动物困在最开始拿球形炸弹的小房间里，可以前去营救他们
