简介
势力
美国暴龙小队
主角诺曼所隶属的美军三角洲特种部队其中一支，其他队员包括阿兹提克、杰斯特、赛可与队长普费，这些队员名称可从游戏附带的CryENGINE2 SandBox2编辑器中找到。在游戏中，阿兹提克和杰斯特在游戏进行前期即阵亡，联合作战司令部负责对这支小队的所有行动。
诺曼（Nomad，Jake Dunn）──玩家所扮演的主角，其面貌除了在概念图以外都没有出现过，他坚持完成任务目标而且曾经拒绝过联合作战司令部撤退的命令，根据官方漫画故事剧情中遭遇CIA所迫害导致坠机后受伤最后与赛可和普费被CIA俘虏和凌虐因EMP攻击导致当场身亡，在三代此人物资料已完全遭删除。
阿兹提克（Aztec，Harry Cortez）──游戏一开始与四名北韩士兵被外星机体杀害，为了不让生化装落入北韩军手中，他与生化装一同被燃毁。
杰斯特（Jester，Martin Hawker）──在一个内陆被冰冻的船舰附近被外星机器抓走，飞行了一段距离后被弃置于地面，被发现时已经身亡，随后也与生化装一同燃毁，在游戏中，他能说流利的西班牙语。
赛可（Psycho，Michael Sykes）──前英国特种空勤团（SAS）成员，之后加入三角洲特种部队，是游戏最后剩存的暴龙小队队员之一。在诺曼抵达航空母舰前，赛可与诺曼最后一次在港口碰面，随后便分开执行任务，赛可在这段期间的任务将会在资料片中被揭露。在游戏中，他常常和普费作对，但因为职位的关系，所以不敢违抗普费的命令。以游戏来看，他可以说是暴龙队里脾气最暴躁的人。
普费（Prophet，Laurence Barnes）──暴龙小队的队长，其它的队员称他为“老大”（Boss）。普费在任务中期被外星人劫持而且被回报为作战中失踪，这段时间史崔克兰接手了对暴龙小队的控制，而在诺曼离开外星船舰时又突然出现，但出现极为异常的行为举止，他得了一把具有复杂开火机制的外星武器，而且似乎比任何人都还要了解这些外星人，在航空母舰上他劫持了一架VTOL并飞回岛屿，游戏最后赛可在逃离的VTOL上接收到普费的信号，并返回岛屿。
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美国海军陆战队
美国海军陆战队在该区域由史崔克兰（Strickland）所领导，并主导大部分地面上对北韩的攻击行动，并利用 VTOL 部署兵力，在普费失踪的这段期间由史崔克兰代替普费对暴龙小队下达任务命令，最终，史兰克林为了保护正在撤离的 VTOL，刻意转移外星机体的注意力，牺牲了自己的生命。
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美国海军
美国海军在游戏中由梅尔森（Morrison）所统帅的USS Constitution航空母舰战斗群作为主要指挥。航空母舰以核子反应堆作为动力来源，游戏初期舰队在岛外部署，并携带大量的战备武器，包括具备发射核弹能力的F-35C，最后航空母舰战斗群在外星船舰永无止尽的攻击下被摧毁。
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朝鲜人民军
朝鲜人民军由庆将军（General Kyong）负责岛屿的攻击行动。他们尝试获取外星科技并且赶走所有当地居民及入侵美军。在游戏中期发现朝鲜人民军也拥有奈米装科技，诺曼称他们为“便宜货”("cheap knock-offs")，不过这些奈米装仅限于庆将军以及他的精英贴身护卫。朝鲜人民军在球体出现前即开始撤离岛屿，留下的大量火炮设备被美军用来攻击外星机器。在孤岛危机：弹头中，同样也是朝鲜人民军李上校的部队似乎独立于庆将军的部队但李上校也拥有奈米装和自己的奈米装护卫队。
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研究团队
由罗泰森（Rosenthal）博士所带领的考古团队，最初他们在世界各处发现外星人的残骸，之后在岛上发现一具完整的残骸。该具完整残骸把罗泰森博士和附近的物体变成冰块之后，团队只剩海伦娜（Helena）和一名研究人员存活，而该研究人员随后被庆将军杀害。海伦娜在抵达航空母舰后发现可以利用诺曼的生化装来超载外星生物的能量，她也要求梅尔森不要发射核弹攻击圆球，害怕核弹的能量只会使圆球更加的强大。北韩怀疑此研究团队实际上是美国中央情报局的人员。(根据官方漫画故事剧情中海伦娜在灵山岛海边遭受CIA射杀身亡)
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外星生物
在嵌入岩石中的巨大建筑中生存，他们具有流线形的身体来快速的“游”过船舰内的高速通道，并且可以吸收附近的能量。外星机器具有各式大小，体型小至可在航空母舰的舱内穿梭，大至可以直接撞沉美军的驱逐舰，根据游戏最后向四处行进的大军及多人联机地图的描述判断，他们试图要侵略整个地球。但是从2代的剧情可得知异形是地球原生，可以说是上一代的先进生物，后来离开了地球，现在又回来了。
外星生物最常用的武器为MOAC（Molecular Accelerator），能够吸收附近的湿气，将其凝结后发射出尖锐且危险的冰柱，由于弹药来源是空气中的水汽，并没有弹药限制。另外一种类似的武器称为MOAR（Molecular Arrestor），能发射出一道光束将所经之处结冻，被结冻的物体即可被其他武器击碎。除此之外，外星生物也能发射Singularity Cannon造成大规模的破坏。
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剧情
背景
在单人任务模式中，玩家扮演中尉 Jake Dunn，代号诺曼（Nomad）的美国三角洲特种部队队员。2020年，一群考古学家在菲律宾的灵山岛进行古代遗迹的研究，接着朝鲜人民军封锁了这座岛屿并劫持了这群考古学家，美军在一星期后部署了三角洲特种部队中的暴龙小队（Raptor Team），并派遣宪法号航空母舰（CVN-80）及数艘驱逐舰进行支持，这段期间美军与北朝鲜从小规模冲突扩大至大规模交战。游戏中这一部分的场景和Crytek前作《孤岛惊魂》（Far Cry）相同，主要发生在一个充满热带雨林的岛屿上，岛上具有传统村落和北朝鲜的军事基地。
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初期
游戏开始于仅有五人的暴龙小队于空中跳伞至降落区（Landing Zone, LZ），在降落过程中，诺曼被不明物体(中后期现身于游戏中的外星机械)撞上并失去了降落伞，最后坠入水中并错过了降落区，在诺曼抵达岸上后，与杰斯特相会，转而与另外一名被卡在树上队员阿兹提克相会。正当他们开始行动时却从树林传来了一片惨叫交战之声，当诺曼与杰斯特到达树林时，阿兹提克与其余四名朝鲜人民军士兵已被不明物体杀害。为了防止朝鲜人民军获得生化装的科技，队长普费蒸发了他的遗体，普费被派往清除他们活动的痕迹，而诺曼被命令继续前行。 随后诺曼入侵了位于海岸边的北朝鲜基地，并得知朝鲜人民军在此区域的活动由庆将军所领导。接着诺曼与小队其余三人在山中会合，发现了研究团队被冰封住的船，并找到了有关人质所在地的情报。赛可和其他队员因觉得队长普菲有事瞒着他们而同他争吵起来，而此时一外星机体却突然现身，撞破船舰并抓走了杰斯特，在飞行了一段距离后将他丢至地面。在诺曼等人赶到时杰斯特已经死亡，不得不同样蒸发了他的遗体。
而后普费在朝鲜人民军的一个通信点了解到朝鲜人民军将一名人质关押于不远处的一个村庄中，三人再度分开执行任务。诺曼进入村庄并与赛可共同救出人质，并从该名人质（事实上为CIA的情报员）口中得知其余人质在一个化石发掘场。此时朝鲜人民军派遣了两辆坦克进入村庄。在诺曼摧毁坦克编队之后，由赛可护送人质离开村庄，而诺曼则赶往普费处与其会合，一同前往化石发掘场。
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反击
诺曼与普费汇合后，普费仍然无法与联合作战司令部（Joint Special Operations Command，JSOC）联络。正当普费与诺曼行进之时，普费被另一突然出现的外星机体拖进树林里并消失无踪，同时诺曼与司令部恢复通信，在回报普费作战中失踪（Missing in Action，MIA）的消息后，转为由史崔克兰负责指引诺曼，在引导下，诺曼摧毁了附近的GPS干扰站并前往研究团队领导人罗泰森博士的所在地。当时罗泰森博士正在研究一具从岩石中挖出的外星遗骸，并与庆将军做视讯对话，但外星遗骸释放出巨大的能量将整栋建筑物与博士结成冰块。此时，美军开始了与朝鲜人民军的冲突，诺曼被要求搭乘VTOL前往港口以支持正在作战的美军，在VTOL降落区，诺曼发现朝鲜人民军也拥有生化奈米装的科技。抵达港口后，诺曼即被派往摧毁防空设施，得以让VTOL降落并在该区域部署坦克。此时联合作战司令部给了赛可新的指令，要求其与A连会合（是为本作资料片《孤岛危机：弹头》的情节发端），而诺曼则与美军坦克一同袭击庆将军所在地点。正当美军的装甲部队逐渐向庆将军的所在地逼近而受地形所阻时，岛中央山顶上的岩石逐渐崩落，露出了一个数千米高的外星建筑，并放出两台外星机体，攻击当地的朝鲜人民军。
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外星生物出现
诺曼随后进入了挖掘地，发现了庆将军、数名穿有奈米装的朝鲜人民军和两名考古学家，正当诺曼正在监听时，诺曼被朝鲜人民军发现并被打昏，生化装的功能也被停止。在诺曼清醒后，他被带至庆将军面前，而庆将军正准备引爆炸药来进入外星建筑，但考古学家反对并质疑他的作法，其中一名考古学家被庆将军枪杀，炸药引爆所释放的能量导致庆将军的生化装故障，并且杀死了他所有的随身护卫，接着诺曼杀死了庆将军，并与另一名考古学家海伦娜搭乘电梯逃离挖掘地，然而挖掘地开始倒塌并将两人困在电梯中，虽然VTOL前来救援，但无法将诺曼救出，在没有其他出口的情况下，诺曼只能选择进入外星建筑。外星建筑内部是一个冰冷且无重力的场所，里面有着类似有机生物的躯壳和许多刺状的冰晶，并且有复杂的管道来快速穿梭整个系统，建筑内部与外部完全断绝联系，诺曼在里面搜集了宝贵的信息，并遇到了几近侵略规模的外星生物，在诺曼成功离开后，建筑物放出了一个冰冻能量罩，使能量罩内部的温度降至摄氏-100度以下，所有的美军、朝鲜人民军都被结成冰块，诺曼在球体内遇到普费，普费运用了外星技术改造了一把开火机制复杂的枪械，能够发射出冰冻光束，然而普费的生化装已经受损，诺曼必须护卫他至附近的热源来补充能量，最终逃离球体，同时，他们也看到了一架巨型外星船舰（Warship）从头顶飞过。
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美军撤离
在球体外，诺曼和普费与季根上士在球体外的临时基地会合，外星机体从球体内不断窜出，击落了载有研究人员海伦娜的VTOL，在普费将海伦娜从坠毁的VTOL中救出后便搭乘其他VTOL离开，此时球体边缘出现了一只形如蜘蛛的外星生物（Hunter），并逐渐逼近美军的基地，史兰克林为了保护VTOL安全的撤离，刻意引开Hunter的注意力，最后牺牲在战场上。而诺曼搭乘了最后一批VTOL离开岛屿，在飞行过程中VTOL被外星机体攻击，驾驶员中弹，VTOL改为诺曼驾驶，并返回在该区负责支持的航空母舰CVN-80 USS Constitution。
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返回航空母舰
在航空母舰上，赛可带回了一具外星生物的遗骸，该机体忽然间吸收了附近的能量并开始活动，在附近保安人员的攻击下又再度停止，海伦娜表示这些生物会吸收附近的能量来源。诺曼与海伦娜在CDC遇到了舰长梅尔森，梅尔森提到了使用核弹攻击这座岛屿，但海伦纳认为以核弹轰炸只不过是“提供能量给球体”，梅尔森没有听下她的建言，两人接着在军械库遇到了赛可与费普，费普在修复了它的生化装后，带着他所得到的武器离开军械库，截取了一台VTOL返回岛屿，军械库的工程师将诺曼的奈米装进行改良，让海伦娜能够在远处的电脑透过无线网络让奈米装传送出信号，进而破坏外星生物的防护罩。同时，梅尔森获得白宫的授权，在舰桥已经准备发射核弹，虽然海伦娜再度恳求他停止发射，但梅尔森仍然坚持它的决定。核弹随后命中球体，球体将核弹能量吸收并扩大了数倍，所有外星机体立刻从球体飞出，朝着航空母舰而来，而普费也被推测已遭到炸死。外星生物对航空母舰的破坏导致核子动力炉超载，并释放出辐射，诺曼被要求前往关闭反应堆，此时数名敌军冲进反应堆室内，海伦娜尝试使用传送信号的方式让外星生物电力超载，结果非常成功。在返回甲板的途中，诺曼绕路取得了原本放置于军械库的战术核武发射器，舰长梅尔森被外星生物杀死，当诺曼回到甲板时，甲板上已经出现了一只巨大的Hunter，海伦娜再度传输信号摧毁它的防护罩，在诺曼成功了摧毁Hunter后，巨大的Warship从航空母舰旁的水底浮起，运用相同的方式，海伦娜削弱了它的防护罩后，诺曼便以战术核武发射器摧毁它。最后，诺曼搭上由赛可驾驶并载有海伦娜的VTOL上，外星Warship与航空母舰一同沉入海底，海伦娜在对话中提到一队从日本来的舰队将在一小时后到达，同时，赛可接收到在球体内部来自普费的信号，VTOL便调头飞回球体内。
