Programmer如何自学Bioinformatics.

Yummy

来自: Yummy(Perl Python R) 2012-02-07 00:04:00

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  • Y叔

    Y叔 (既然青春留不住,还是当个大叔好) 2012-02-07 00:11:51

    你列的书都不咋滴

  • 功夫

    功夫 (两个人才能抵抗生活) 2012-02-07 07:48:05

    LZ你看错了,第一本要看的书是Molecular Biology,其他神马都是浮云!

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-07 18:47:13

    ls,
    计算机专业的大多数没看过生化,分子,
    仅有的生物知识还只是高中的,Molecular Biology对于他们来说比浮云还浮云。


    以其让他们看那些,还不如看看Perl如个门,然后试着用Perl分析一下BLAST。
    这样更有成就感,你说是吧?

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-07 18:49:47

    你列的书都不咋滴 你列的书都不咋滴 Y叔

    这些只是入门。
    我也只是个门外汉。

    有更好的建议?
    请指点一二 (:

  • 功夫

    功夫 (两个人才能抵抗生活) 2012-02-08 09:16:27

    ls, 计算机专业的大多数没看过生化,分子, 仅有的生物知识还只是高中的,Molecular Biology对 ls, 计算机专业的大多数没看过生化,分子, 仅有的生物知识还只是高中的,Molecular Biology对于他们来说比浮云还浮云。 以其让他们看那些,还不如看看Perl如个门,然后试着用Perl分析一下BLAST。 这样更有成就感,你说是吧? ... Yummy

    不学生物,学Bioinformatics研究个神马东东?研究计算机?!
    连BLAST结果是什么意思,有什么用都没明白,还试着试着用
    Perl分析一下BLAST?他知道在做神马吗?

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-08 12:44:33

    不学生物,学Bioinformatics研究个神马东东?研究计算机?! 连BLAST结果是什么意思,有什么用 不学生物,学Bioinformatics研究个神马东东?研究计算机?! 连BLAST结果是什么意思,有什么用都没明白,还试着试着用 Perl分析一下BLAST?他知道在做神马吗? ... 功夫

    抽时间看看bioinformatics读物
    《Bioinformatics.For.Dummies.2nd.Ed.2007》.
    《Introduction to Bioinformatics -Authur M.Lesk-Oxford》
    应该就差不多了吧?

    反正 暂时 不会根据序列推测蛋白质结构,以其看生化和分子,还不如从计算机专业的角度,多掌握些算法,相关数据库,以及相关application的搭建。

    不知这样想对不对。欢迎不同看法。

    另外,计算机专业的在 业余时间 学生物好难好难。
    如果周围有个类似BGI的环境,整天接触的是那些,倒还好。
    但在其他IT公司,就基本没条件了。

  • 功夫

    功夫 (两个人才能抵抗生活) 2012-02-08 14:38:48

    工作了还学bioinformatics,难道是为了找工作?囧~

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-08 20:46:20

    工作了还学bioinformatics,难道是为了找工作?囧~ 工作了还学bioinformatics,难道是为了找工作?囧~ 功夫

    自学bioinformatics,只是对基因,对癌症好奇罢了。
    在这份好奇心的驱使下,我还真的打算投入1w小时的业余时间。

    现在这份工作每天面对Java,c,linux, kernel,
    可我最想写的程序还是Perl...

    如果不能理解,还有‘围城’那么一说,你懂的 (;

  • 何先森饭扫光

    何先森饭扫光 (the hard way) 2012-02-08 21:02:28

    支持1w小时学习计划:)
    我也是是CS的需要生物学知识,正在看
    《生物信息学算法导论》
    http://book.douban.com/subject/2183420/

    打算看
    《探索基因组学、蛋白质组学和生物信息学》
    http://book.douban.com/subject/2175471/

  • 功夫

    功夫 (两个人才能抵抗生活) 2012-02-08 23:35:59

    自学bioinformatics,只是对基因,对癌症好奇罢了。 在这份好奇心的驱使下,我还真的打算投入1w 自学bioinformatics,只是对基因,对癌症好奇罢了。 在这份好奇心的驱使下,我还真的打算投入1w小时的业余时间。 现在这份工作每天面对Java,c,linux, kernel, 可我最想写的程序还是Perl... 如果不能理解,还有‘围城’那么一说,你懂的 (; ... Yummy

    佩服,但是自己一个人看书只能是自己玩玩。书上的的知识要差实际科研领域的问题很多年,甚至10多年都不为过。bioinformatics是用来解决biology问题的,你只是想用Perl,何苦要趟这趟浑水。Perl的应用多的就是。

  • tangboyun

    tangboyun (这个人很馋,什么都没留下~) 2012-02-09 00:48:51

    我觉得楼主吧,你已经是程序员了,提的那几本书和BioPerl都是很偏应用的、成熟的工具和函数使用,如果手头没有课题、没有“特别的数据来源”,没有实质的研究对象,学了没地方用。

    我觉得你可以看些更贴近统计、数据挖掘、模式识别、时间序列分析、字符串算法方面的资料,生物信息的根其实在那里,这些玩意儿数据集都可以下到,而且对你来说也更有交集。不要绑死在具体的类库上,因为你没有使用的环境。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-09 19:42:17

    我觉得楼主吧,你已经是程序员了,提的那几本书和BioPerl都是很偏应用的、成熟的工具和函数使用 我觉得楼主吧,你已经是程序员了,提的那几本书和BioPerl都是很偏应用的、成熟的工具和函数使用,如果手头没有课题、没有“特别的数据来源”,没有实质的研究对象,学了没地方用。 我觉得你可以看些更贴近统计、数据挖掘、模式识别、时间序列分析、字符串算法方面的资料,生物信息的根其实在那里,这些玩意儿数据集都可以下到,而且对你来说也更有交集。不要绑死在具体的类库上,因为你没有使用的环境。 ... tangboyun

    很好的建议。谢谢。
    目前是打基础的阶段,知识的积累本身需要过程,在这个过程开始的阶段,我的想法是从自己熟悉的领域切入,我现在的工作属于商业性质的软件开发,没机会用到Perl及上面任何bioinformatics书籍里面的内容,所以目前也只能局限于掌握相关语言和工具的使用。

    就像您说的,没有研究对象,没使用环境,所以我只能在cnki上追踪某些领域的论文,也只能为了掌握某些字符串算法而写一些小东西分析BLAST数据。

    这个积累的过程将耗费很多时间,对相关原理的掌握也要花费很大精力。
    只因为我问了自己一个很大的问题,而这次我决定诚实地面对。

  • Sturmgeist

    Sturmgeist 2012-02-09 20:31:42

    lz你为什么想做生物信息啊?我是学生物信息的,但觉得it行业很好啊,待遇比生物信息好的多啊?

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-10 18:59:56

    最后的1/3理想。

    做消费类电子产品软件开发,虽然钱会多一些,但自己想做的是生物信息,所以就没有什么意义 。

  • 子风

    子风 (肥得像只猫) 2012-02-10 20:26:46

    自学bioinformatics,只是对基因,对癌症好奇罢了。 在这份好奇心的驱使下,我还真的打算投入1w 自学bioinformatics,只是对基因,对癌症好奇罢了。 在这份好奇心的驱使下,我还真的打算投入1w小时的业余时间。 现在这份工作每天面对Java,c,linux, kernel, 可我最想写的程序还是Perl... 如果不能理解,还有‘围城’那么一说,你懂的 (; ... Yummy

    如果不是为了工作马上用,纯为求知,我还真建议你正经从生物学起,至少自学一下基本的分子遗传学和进化生物学,否则搞一堆工具没啥意义。我是老派脑筋,我还是相信不make biological sense的bioinfo都是浮云⋯⋯

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-14 08:39:26

    如果不是为了工作马上用,纯为求知,我还真建议你正经从生物学起,至少自学一下基本的分子遗传学 如果不是为了工作马上用,纯为求知,我还真建议你正经从生物学起,至少自学一下基本的分子遗传学和进化生物学,否则搞一堆工具没啥意义。我是老派脑筋,我还是相信不make biological sense的bioinfo都是浮云⋯⋯ ... 子风

    多谢。很好的建议。
    我会留意一下分子遗传学和进化生物学相关的书籍。
    在研究Perl时也会加上和进化相关的算法。

    三月快到了,那是ITer跳槽的黄金时节。
    现在只想换份和bioinfo相关的工作……
    自知才疏学浅,Perl之类也只刚刚起步,
    除了十几年和计算机相关的经验,仔细想想还真没什么积累下来。

    深圳南山科技园中区有很多生物类的公司,不知能不能找到合适的。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-15 23:38:37

    Molecular Biology哪本教材比较适合没基础的人?

    我只看过 陈阅增 的 普通生物学第一版和第二版。

  • 无名号

    无名号 2012-02-15 23:51:48

    我从事bioinformatics不少年了,说实话bioinformatics不是个人能玩得起的。楼主何必往火炕里跳?我做梦都想爬出来。见过几个计算机转过来的,进来之前都觉得自己会计算机能帮生物学解决重大问题,结果出去的时候无一后悔不已。

  • 无名号

    无名号 2012-02-16 00:01:40

    Molecular Biology哪本教材比较适合没基础的人? 我只看过 陈阅增 的 普通生物学第一版和第 Molecular Biology哪本教材比较适合没基础的人? 我只看过 陈阅增 的 普通生物学第一版和第二版。 ... Yummy

    分子生物学不是孤立的学科,如果想解决重大问题,不应该从这门课开始学至少应该从生物化学开始打基础。理想情况的是把本科几个主干课学完:生物化学、动物学、动物生理学、遗传学、细胞生物学、微生物学、分子生物学。有了扎实的基础,才能搞科研,否则容易犯方向问题。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-16 08:58:52

    分子生物学不是孤立的学科,如果想解决重大问题,不应该从这门课开始学至少应该从生物化学开始打 分子生物学不是孤立的学科,如果想解决重大问题,不应该从这门课开始学至少应该从生物化学开始打基础。理想情况的是把本科几个主干课学完:生物化学、动物学、动物生理学、遗传学、细胞生物学、微生物学、分子生物学。有了扎实的基础,才能搞科研,否则容易犯方向问题。 ... 无名号

    当初的确是准备逐步看完的。
    并且当时是打算在看完王镜岩的那两本书之后 看分子。

    对于非生物系的学生来说,看王镜岩的那两本书的确比较吃力,所以就在别人的建议下转而看《普通生物学》第1,2版。

    基于王阅增所倡导的‘厚基础,宽口径’,也初步积累了一些细胞和生物大分子,个体生物学,遗传进化和生态学 的基础。

    生命科学里面每个学科都是有关联的,我不会贪图走捷径,只要不走弯路就好。
    谢谢您的建议,我会建立一个阅读列表,逐步看完那些书。

  • jan~08

    jan~08 2012-02-22 21:15:45

    我是搞遗传的研究生,老板觉得以后bioinfo是趋势,果断转了方向,但他苦于无法将思路转化为实际研究,所以他就叫我搞起这块。现在通过三四个月接触shell的时间,基本算是把数据格式处理这块眼前的问题解决了,他的数据结果也出来了一部分,但是以后怕碰到需要用到更为系统的数据处理,所以现在开始自学python。我跟你都算是半路出家,以后共同进步咯~

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-23 08:48:41

    我是搞遗传的研究生,老板觉得以后bioinfo是趋势,果断转了方向,但他苦于无法将思路转化为实际 我是搞遗传的研究生,老板觉得以后bioinfo是趋势,果断转了方向,但他苦于无法将思路转化为实际研究,所以他就叫我搞起这块。现在通过三四个月接触shell的时间,基本算是把数据格式处理这块眼前的问题解决了,他的数据结果也出来了一部分,但是以后怕碰到需要用到更为系统的数据处理,所以现在开始自学python。我跟你都算是半路出家,以后共同进步咯~ ... jan~08

    为什么不用Perl处理?
    很好奇。

  • 无名号

    无名号 2012-02-23 10:15:49

    为什么不用Perl处理? 很好奇。 为什么不用Perl处理? 很好奇。 Yummy

    perl在生物信息学中的地位是历史遗留问题,随着perl在IT业中的影响力逐步降低,它在生物信息学中的影响力也随着降低,只不过降低的速度要比IT业慢些。相对的,这些年影响力提高的是Python和Java等。perl主要的优势一是文本处理方便,二是有个BioPerl,三是历史遗留下来的生物信息方面的学习资料。但是其它语言也有BioPython, BioJava,学习资料也在逐渐丰富,库也非常丰富。从文本处理来看,python的正则表达式可能微弱于perl,但是如果再加上易用性、面向对象等因素,perl没什么优势。搞生物信息的大多数是学生物出身的,学校里教perl就用perl,哪个语言学习资料多就用哪个,很少会想着学习别的更方便的语言,造成现在用perl的占了大多数。这种情况正在改变,不少学校已经开始教python等其它语言了。

    生物信息学日常分析中编写的程序绝大多数都是小脚本,几十行或一二百行,针对这类程序,一般都是自己会什么就用什么,达到目的就行。这类分析对编程本身要求不高。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-23 12:20:09

    perl在生物信息学中的地位是历史遗留问题,随着perl在IT业中的影响力逐步降低,它在生物信息学中 perl在生物信息学中的地位是历史遗留问题,随着perl在IT业中的影响力逐步降低,它在生物信息学中的影响力也随着降低,只不过降低的速度要比IT业慢些。相对的,这些年影响力提高的是Python和Java等。perl主要的优势一是文本处理方便,二是有个BioPerl,三是历史遗留下来的生物信息方面的学习资料。但是其它语言也有BioPython, BioJava,学习资料也在逐渐丰富,库也非常丰富。从文本处理来看,python的正则表达式可能微弱于perl,但是如果再加上易用性、面向对象等因素,perl没什么优势。搞生物信息的大多数是学生物出身的,学校里教perl就用perl,哪个语言学习资料多就用哪个,很少会想着学习别的更方便的语言,造成现在用perl的占了大多数。这种情况正在改变,不少学校已经开始教python等其它语言了。 生物信息学日常分析中编写的程序绝大多数都是小脚本,几十行或一二百行,针对这类程序,一般都是自己会什么就用什么,达到目的就行。这类分析对编程本身要求不高。 ... 无名号

    谢谢。很宝贵的经验。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-23 13:03:40

    在经过短暂的思考后,
    决定稍微修改一下目前的计划。
    1.完成之前制定的计划。

    继续成之前的计划,是因为个人认为‘语言本身只是一个工具’,现在问题就在那里,一个一个解决掉,增加熟悉程度。Perl的中心思想"There's More Than One Way To Do It."也很适合我,昨天对一个dna sample的处理就实现了5种不同的方法。

    2.将之前写的perl程序用Python实现。
    Python的学习曲线相对较低,但它的哲学是“用一种方法,最好是只有一种方法来做一件事”,要多阅读,多学习些‘唯一的方法’。所以除了《Oreally-Bioinformatics.Programming.Using.Python.Dec.2009》
    还将陆续翻阅下列书籍:

    A-byte-of-Python.pdf
    A Primer on Scientific Programming with Python.pdf
    Beginning.Python.Wrox.pdf
    DiveIntoPython-chn.pdf
    Learning-Python-2Ed.pdf
    Learning.Python.4th.Edition.pdf
    practical-programming-an-introduction-to-computer-science-using-python.pdf
    Python-Cookbook.pdf
    Python-Essential-Reference-Third-Edition.pdf
    Python-Programming-on-Win32.pdf
    Python-Programming.pdf
    Python编程经典.pdf
    Python编程指南.pdf
    Python程序设计.pdf
    Python核心编程.pdf
    Python技术参考大全.pdf
    Python源码剖析.pdf

    如果谁对这些电子书感兴趣,可以豆油我。

  • 流沙者

    流沙者 (流沙者,忆追逝,惜拥有!) 2012-02-23 13:40:33

    哈哈,你复杂化了lz,python只要你入门了就可以了,其它语言都一样。Bioinformatics更多的并不是计算机方面的知识,而是将那些序列信息按照你想要的目的进行处理和计算,从而得到科学有验证的信息。其实你只要看两本书
    1,分子生物学
    2,python编程经典

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-23 20:08:02

    哈哈,你复杂化了lz,python只要你入门了就可以了,其它语言都一样。Bioinformatics更多的并不是 哈哈,你复杂化了lz,python只要你入门了就可以了,其它语言都一样。Bioinformatics更多的并不是计算机方面的知识,而是将那些序列信息按照你想要的目的进行处理和计算,从而得到科学有验证的信息。其实你只要看两本书 1,分子生物学 2,python编程经典 ... 流沙者

    so easy ?
    好吧,我试试看。
    谢谢。

  • 扬

    (了解了世界便无法被世界所理解) 2012-02-24 23:27:11

    我是学分子的 其实我很支持你的计划。没必要在molecular biology上花太多时间。不过你列的书太专业 不懂了就。。。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-26 14:25:50

    thanks.
    分子还算要看的。
    那些书也都是写入门级的。

  • 无名号

    无名号 2012-02-27 09:35:51

    thanks. 分子还算要看的。 那些书也都是写入门级的。 thanks. 分子还算要看的。 那些书也都是写入门级的。 Yummy

    你的背景适合给生物学做系统、做软件、做算法,而不是研究生物学本身

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-02-28 19:17:49

    你的背景适合给生物学做系统、做软件、做算法,而不是研究生物学本身 你的背景适合给生物学做系统、做软件、做算法,而不是研究生物学本身 无名号

    是的。
    我之前就是打算从计算机方面进入Bioinformatics这个领域.

    最近一直在写些小东西,碰到了些问题。
    和之前想的一样,这条路,越往后走越难。

    以后还请多指教。

  • GoneWithWind

    GoneWithWind (永远真实) 2012-03-05 14:38:53

    Mark 下。。。

    话说楼主列出的关于计算机方面的书 倒是蛮适合我们这些生物专业背景 想做点偏生物信息学方面的同学。。。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-03-12 22:15:09

    Mark 下。。。 话说楼主列出的关于计算机方面的书 倒是蛮适合我们这些生物专业背景 想做点 Mark 下。。。 话说楼主列出的关于计算机方面的书 倒是蛮适合我们这些生物专业背景 想做点偏生物信息学方面的同学。。。 ... GoneWithWind

    对于初学者,都一样。
    计算机背景的似乎更麻烦,因为要面对生化分子遗传等等,这些东西,越往后走越重要。
    而优势,似乎也只是在数据库方面了。

  • microcola

    microcola 2012-03-13 14:23:23

    做生信缺的不是技术。。。是生物background。。。多看paper吧

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-03-15 00:31:09

    唉,两天时间在公司用Python写了个android自动化测试框架,
    写出来了,验证了,然后被cancel了。

    可扩展,易维护,User Friendly , 对于商业化开发都不重要。
    重要的是什么?这是一个仔细思考后让人很无语的问题。

    商业化开发人员流动性很大,去年认识的人,大约走了一大半。
    当时不明白他们为什么走,现在慢慢明白了。
    他们把人力当作一种资源,资源被使用,然后出于各种原因慢慢被消耗。
    他们忽略了人力其实是一种资本,是可以增值的资本。

    以其作为资源被慢慢被消耗,还不如自我增值。
    所以那些人跳啊跳啊……

    如果不是为了稳定的环境让自己能在晚上能有几个小时安心的看看书写写程序,
    我大概也准备在这个“金三银四”再跳一次。

    看来还是要找个bio公司。

    ----------
    再次请教一下,
    深圳南山科技园中区有很多名字中有“生物工程”字样的 公司 ,
    有没有人知道这些“生物工程”公司一般做什么?

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-03-15 00:31:56

    做生信缺的不是技术。。。是生物background。。。多看paper吧 做生信缺的不是技术。。。是生物background。。。多看paper吧 microcola

    谢谢。正在打基础。路漫漫而修远。

  • 无名号

    无名号 2012-03-18 21:23:28

    唉,两天时间在公司用Python写了个android自动化测试框架, 写出来了,验证了,然后被cancel了 唉,两天时间在公司用Python写了个android自动化测试框架, 写出来了,验证了,然后被cancel了。 可扩展,易维护,User Friendly , 对于商业化开发都不重要。 重要的是什么?这是一个仔细思考后让人很无语的问题。 商业化开发人员流动性很大,去年认识的人,大约走了一大半。 当时不明白他们为什么走,现在慢慢明白了。 他们把人力当作一种资源,资源被使用,然后出于各种原因慢慢被消耗。 他们忽略了人力其实是一种资本,是可以增值的资本。 以其作为资源被慢慢被消耗,还不如自我增值。 所以那些人跳啊跳啊…… 如果不是为了稳定的环境让自己能在晚上能有几个小时安心的看看书写写程序, 我大概也准备在这个“金三银四”再跳一次。 看来还是要找个bio公司。 ---------- 再次请教一下, 深圳南山科技园中区有很多名字中有“生物工程”字样的 公司 , 有没有人知道这些“生物工程”公司一般做什么? ... Yummy

    有“生物工程”字样的 公司也是干啥的都有,多数还是生物化工或者发酵工程吧,或者就是买试剂的。现在能用上生物信息的公司还是少数。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-03-19 23:09:11

    有“生物工程”字样的 公司也是干啥的都有,多数还是生物化工或者发酵工程吧,或者就是买试剂的 有“生物工程”字样的 公司也是干啥的都有,多数还是生物化工或者发酵工程吧,或者就是买试剂的。现在能用上生物信息的公司还是少数。 ... 无名号

    thanks for your reply.
    It is helpful for me.

  • tangboyun

    tangboyun (这个人很馋,什么都没留下~) 2012-03-21 12:43:51

    生物公司是这样的,他们里面一般不需要很专业的编程人员,大部分公司只需要你能熟练操作些软件,而那些软件大部分是公司购买的机子自带的软件,做一些很流程化的标准操作。现在只要提供各种芯片服务的,都会有些数据分析的需求,但都很简单。
    只有有一定规模的公司,会考虑跟进那些文献上有发表,但还未在商业软件中提供的算法之类,或者需要把各种零碎的代码片段整合成平台。但这时候的难点也不是纯正的“编程”技能,而是数理统计有多好,能根据伪码、公式来实现算法,形成一个标准流程。R很重要(开源的有很新的包而且有整个统计社区支持),其他都差不多。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2012-03-22 12:43:23

    生物公司是这样的,他们里面一般不需要很专业的编程人员,大部分公司只需要你能熟练操作些软件, 生物公司是这样的,他们里面一般不需要很专业的编程人员,大部分公司只需要你能熟练操作些软件,而那些软件大部分是公司购买的机子自带的软件,做一些很流程化的标准操作。现在只要提供各种芯片服务的,都会有些数据分析的需求,但都很简单。 只有有一定规模的公司,会考虑跟进那些文献上有发表,但还未在商业软件中提供的算法之类,或者需要把各种零碎的代码片段整合成平台。但这时候的难点也不是纯正的“编程”技能,而是数理统计有多好,能根据伪码、公式来实现算法,形成一个标准流程。R很重要(开源的有很新的包而且有整个统计社区支持),其他都差不多。 ... tangboyun

    thanks.
    I will add "R" in my study list.
    and ,
    《概率论与数理统计》 is on the list of priorities now.

  • gainover

    gainover ('>_< / & \ ") 2012-03-25 12:17:15

    我觉得楼主吧,你已经是程序员了,提的那几本书和BioPerl都是很偏应用的、成熟的工具和函数使用 我觉得楼主吧,你已经是程序员了,提的那几本书和BioPerl都是很偏应用的、成熟的工具和函数使用,如果手头没有课题、没有“特别的数据来源”,没有实质的研究对象,学了没地方用。 我觉得你可以看些更贴近统计、数据挖掘、模式识别、时间序列分析、字符串算法方面的资料,生物信息的根其实在那里,这些玩意儿数据集都可以下到,而且对你来说也更有交集。不要绑死在具体的类库上,因为你没有使用的环境。 ... tangboyun

    这个是正解!

  • 光之虫洞

    光之虫洞 2012-05-22 16:43:13

    可以考虑去国外申请个学位念念?纯为了兴趣的话其实念个PHD也不是很恐怖,而且一般都有钱补贴,生活不成问题。。。

  • Canoe

    Canoe (你不过是每一个孤独的瞬息) 2012-05-23 16:09:29

    可以考虑去国外申请个学位念念?纯为了兴趣的话其实念个PHD也不是很恐怖,而且一般都有钱补贴, 可以考虑去国外申请个学位念念?纯为了兴趣的话其实念个PHD也不是很恐怖,而且一般都有钱补贴,生活不成问题。。。 ... 光之虫洞

    phd。。 求+1 现在bioinformatics 大三

  • 无尘

    无尘 2012-05-24 11:14:50

    计算机背景的应该去搞生物信息算法和软件开发吧?digging biology insight。。。个人认为有点困难。。。偶是遗传学生物背景的,面对next gen的数据也要学习一阵。个人觉得你可以专一个生物点去研究算法和软件。我只能给你推个我方向的这方面文章,Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq.

    http://www.nature.com/nmeth/journal/v8/n6/abs/nmeth.1613.html

  • 无尘

    无尘 2012-05-24 11:27:39

    另外有些生物信息的工作是专门为programmer设的 (比如data management),其实你可以先找个这样的工作,进去在公司里学习些必要的知识,比你自己花很多时间撒网看要有效率的多。

  • [已注销]

    [已注销] 2012-05-25 06:20:19

    不建议计算机背景的同学投入具体的生物学问题,我曾经和engineering,CS等学科的同志们聊过,感觉如果没有做过具体的project,很难体会Bio里面的复杂度,有同志曾经反问我为什么二分法在生物实验里没有指导意义~ 最近正在和一quantum physi的哥们讨论DNA structure simulation...基本是浪费时间

    计算机背景的同学最好是找个专业基友,有人指导具体做什么~这样进步会快很多,另外bioinfo和Biological network做的差别还是很大的!后者其实你们可以发挥的地方更多,也更具有挑战性,做systems的暂时还是细胞水平,再过若干年可以到multi-organ水平,有兴趣的同学可以看看Palsson关于FBA的工作~

  • cshao

    cshao 2012-05-25 11:29:54

    Hi, Yummy, 个人感觉你给自己身上压的担子太重了,这个有那么多书要看,那个有那么多基础要学,最终可能会把初始的兴趣给磨掉的 -- 依据兴趣而来的学习、工作,总是轻装上阵的比较好。

    不确定你自学Bioinformatics的目的是什么,如果你自学Bioinformatics是想玩Paper找教职呆高校研究所的话,那就没有必要学习Bio的东西,也没有必要学习Perl或者Python。找个你信得过的Bio背景的人做搭档,他/她提供数据/需求,你来做分析/实现,最后一起发Paper。需要用到Perl的时候学Perl,需要用到Python的时候学Python,需要用到统计的时候学统计 -- 以你多年的开发经验,拉起一门编程语言翻上一星期书也就够了(当然,代码质量可能差点,但一上来实现想法/功能的时候代码质量没那么重要);统计也许麻烦点,但也不会麻烦太多。

    如果你自学Bioinformatics纯粹只是出于兴趣,出于对生命科学领域的爱好,或者对未来该领域产业化的看好,而不在乎是否发什么Paper,那么上面很多同仁的建议都是可以商榷的 -- 个人认为,上面的大多数建议都很好,但很多都是从发Paper的角度来给出的建议。

  • cshao

    cshao 2012-05-25 13:27:09

    另,我认为上面很多同仁把你进入生物学领域的难度给夸大了。

    生物很难吗?Yummy你应该已经看过一些生物学的书了,不管是普及性的普通生物学也好还是看似高阶的生化分子也好,你有没有发现一个现象:生物学里面知识性的东西很多,非常多,但是技能性、推导性的东西很少,非常少,仅有的一些推导性的东西也往往以Boolean运算为主。什么情况下学习知识性的东西会感觉很难?我个人认为是对文字描述理解困难的时候会感觉很难。但那并不意味着生物学本身很难,而是教材没有编好的缘故。举个例子,沈同、王镜岩的《生物化学》,这部教材在国内已经算好的了,但里面还是充满了很多令初学者百思不得其解的描述,配上质量并不上乘的插图,读起来确实很难。但是相同的内容在Lehninger的Principles of Biochemistry里面,通俗清晰的描述配上高清的插图,理解起来几乎可以不用转动任何大脑。这就跟谭浩强的C教材一样,C语言的语法规则其实很简单,薄薄的一本The C Programming Language就足够了,但是谭的教材写那么厚,又错误百出,所以自然就难了。

    想要理解Bioinformatics结果所需要的生物学知识很多吗?我觉得未必。我认为本科阶段的生物学知识就足以理解大多数Bioinformatics的结果了,如果还有不理解的,通过Google也可以在短时间内掌握;而本科阶段的生物学知识多吗?看上去多,不算上宏观生物学的话,也有生物化学、分子生物学、遗传学、细胞生物学等等,但从教材目录上就可以看出来,这些课程(本科)的重复性比较大,经常是生化书上学到了,分子生物学课堂上再教一遍。所以我认为,需要学习的生物学知识并不多。以BLAST为例,理解这个东西都不需要去额外学习什么分子生物学,高中生物的知识就足够了:知道碱基ATGC,知道DNA是由碱基组成的序列就够了,BLAST说白了不就是对两段字符串进行比对匹配么,这个在本质上和你做code review的时候生成的diff文件又有什么区别(当然,算法上是不一样的)?

    如果嫌只看书跟不上最新的研究进展,那么可以去找近年来Nature, Science或者Cell这些好杂志上面发表的综述Paper (网上找找,可以下载到),挑一些感兴趣的来看看,也就够了。

  • cshao

    cshao 2012-05-25 14:41:06

    我个人的建议:

    1. IT方面的工作继续干着,票子拿着,业余时间玩玩Bioinformatics。从你感兴趣的方向入手(e.g. 基因,癌症),先看些普及性的教程(基因是什么,癌症又是怎么回事),然后再遵从自己的兴趣深入看一些东西(比如,癌症的产生),碰到不明白的生物学概念直接Google就是了,一直follow the heart,东西看多了之后,自然会有一些使用计算机技术来做些事情的想法与冲动 -- 根据这些想法做就是了。也许会有人说,这只是自己玩玩而已,并不解决实际科研中的问题,并不解决Biology的问题;可关键是:你为什么要去解决别人的问题?如果那些所谓的Biology问题并不是自己真正感兴趣的,那还能持之以恒的继续下去吗?业余玩票也能够玩的很好,而很多专职从事科研的人都不过是挖空心思发Paper罢了。

    2. 如果你不想继续在IT公司干,想去生物公司,那么建议去大型医药企业(阿斯利康、GSK etc.)的研发中心,那里也有生物信息相关的软件开发职位。

    3. 如果你很有钱,以后也不用再考虑家庭经济的限制,那么建议去美国名校找个好点的老板读Ph.D。但如果你现在上有老要孝,下有小得养,那么就不建议走这条路了。

    祝好运

  • 无名号

    无名号 2012-07-09 12:25:49

    搞生物缺乏成就感。

  • mugs

    mugs (revolution drugs) 2012-07-09 16:20:03

    我是生化与分子的研究生,目前在自学python,我也想做跟lz差不多方向的东西,虽然具体是什么我还看不到,但是我还是相信这个trend。书只有一本Bioinfomatics Programing in Python,视频看的是MIT的轻量级编程公开课。很羡慕lz的programmer背景,另外,我觉得你不用看生物信息学方面的书了,因为交叉学科的教材还没有业界发展的快,我推荐lz看生物化学分子生物方向的http://book.douban.com/subject/1672471/ 比如这本轻量级的概括又好的书(建议看原版)我们这种跨专业的同学最需要的是先看到big picture,细节的东西可以慢慢补充。

  • 山坡上的牧羊人

    山坡上的牧羊人 (汝心安处是我厝) 2012-07-12 17:54:28

    DNA计算倒是了解一点... 但是随后发现那货和生物没太大关系...

  • [已注销]

    [已注销] 2012-07-20 23:41:08

    mark一下,各位的讨论非常好啊

  • puppyjelly

    puppyjelly (豆瓣) 2012-09-10 16:29:07

    mark一下,各位的讨论非常好啊 mark一下,各位的讨论非常好啊 [已注销]

    mark 一下!
    成功在于坚持不懈!

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2013-01-10 19:37:41

    你的背景适合给生物学做系统、做软件、做算法,而不是研究生物学本身 你的背景适合给生物学做系统、做软件、做算法,而不是研究生物学本身 无名号

    刚做完一套系统实现测序后下机数据的自动化过滤。

    小有成就感。

    目前空余的时间在补‘木桶’的那些短板:分子,细胞,生物统计。

    Thanks for all suggestion , especially by @cshao.

  • xixihaha9288

    xixihaha9288 (人看见光明看见远方,朝着那里) 2013-01-21 11:34:47

    你可以看看关于进化的算法,计算机程序也在进化,生物体内蕴含的信息也在进化。这是动态的过程,有时候像是在寻求最优解,有时候又像是在多元最大化,因为这有牵扯到环境生态,地理演化了。
    总之,生物为什么演化,为什么迁徙,运动的过程中,增加了生物多样性,却仍是稳定的系统。
    好吧,计算机系统和生态系统完全是两码事。
    计算机多装一两个软件,多一两个语言库,跟地球上多一两个物种完全不一样。

  • cshao

    cshao 2013-01-21 18:02:13

    刚做完一套系统实现测序后下机数据的自动化过滤。 小有成就感。 目前空余的时间在补‘木桶 刚做完一套系统实现测序后下机数据的自动化过滤。 小有成就感。 目前空余的时间在补‘木桶’的那些短板:分子,细胞,生物统计。 Thanks for all suggestion , especially by @cshao. ... Yummy

    You are welcome :)

  • AlexChen

    AlexChen 2013-03-29 22:47:09

    我推荐一个书 Gene 8
    这比单纯的分子生物学要好

  • 葡萄皮

    葡萄皮 2013-04-16 08:57:13

    Yummy 加油!
    看书太多太劳神,分好精泛才得真。
    学了概念干项目,多看文章前沿跟。

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2013-04-17 10:18:28

    Yummy 加油! 看书太多太劳神,分好精泛才得真。 学了概念干项目,多看文章前沿跟。 Yummy 加油! 看书太多太劳神,分好精泛才得真。 学了概念干项目,多看文章前沿跟。 葡萄皮

    程序写着,
    项目做着,
    结合《普通生物学》把相关的知识都了解一遍。

  • yuyu

    yuyu 2013-04-17 10:22:57

    M

  • tangboyun

    tangboyun (这个人很馋,什么都没留下~) 2013-04-17 11:43:39

    基因10都出了多少年了。有影印版引进的,而且是彩页印刷,当然价格不低。
    普生说实话没啥内容,搞生信,基因啃完,生物知识差不多可以了。

    http://product.china-pub.com/1844341

  • Yummy

    Yummy (Perl Python R) 2013-04-17 15:27:43

    基因10都出了多少年了。有影印版引进的,而且是彩页印刷,当然价格不低。 普生说实话没啥内容, 基因10都出了多少年了。有影印版引进的,而且是彩页印刷,当然价格不低。 普生说实话没啥内容,搞生信,基因啃完,生物知识差不多可以了。 http://product.china-pub.com/1844341 ... tangboyun

    结合《普通生物学》把相关的知识都了解一遍,是指把生化,分子,细胞 ,微生物 之类的都看一遍。

    这些基础,好像是必须的也是必要的。

    这些本科生的东西看完之后,应该能看懂《癌生物学》了。
    ISBN 978-7-03-023351-6

  • tangboyun

    tangboyun (这个人很馋,什么都没留下~) 2013-04-18 20:39:11

    我是觉得没必要花太多精力在生物教材上,说实在话,学不到真正有用的东西, 除了绕口令、掉书袋之类. 我记得我那时候,做经典生物的,比如形态分类的,很看不起做分子,因为觉得他们做的不“生物”。现在其实也一样,比如,做分子的,看不起做生信的,因为也不“生物”。生物上真正有用的技能,其实一直超越那个时代的教学和大坏境。

    你哪怕一点生物不会,图论学得好,一样比一个可以把英汉人类基因词典背的滚瓜烂熟的生物学生有用,前者的功能有数据库替代. 你比他更会爬数据库即可。而你做GO,pathway网络分析一定比他强,这点他很难倒追过你. 这年代,记忆性的知识早贬值的一塌糊涂了。

    以你说的癌相关的知识为例,看那些教科书,哪怕你啃到滚瓜烂熟,哪怕啃完最新版Hallmarks of cancer: the next generation,然后把后面文献条条框框一条条全部啃完,你的这些知识绝对不如一个专科的临床医生来的详细和实用。然后,你觉得他们需要你指点这些知识么?(其实爬一爬数据库就有了)。No, 他们少的其实是分析的能力,点上的知识绝对比你详细,事实上你学了也用不到,因为你没那个环境。

    而分析的时候,你更多时候看到的,只是一个列表,一个网络拓扑关系,一堆枚举值,所谓的“生物学意义”也往往抽象成一堆枚举值。生物,不能教会你如何分析生物。你应该想想自己的优势在哪里,然后尽可能的发挥自己的长处。不要去追别人的长处去补自己的短处,没意思的。

  • xixihaha9288

    xixihaha9288 (人看见光明看见远方,朝着那里) 2013-04-20 15:04:57

    楼上说的对,记忆性的知识早贬值的一塌糊涂了。

    你只需要有针对性的理解 你所解析的信息或数据 在生物 生理和功能上的模块。它们各自代表什么,有什么相关性就可以了。 也就是只需记忆一些概念,然后用网把它们联系起来就可以了。

  • 小蜉

    小蜉 2013-11-23 17:15:23

    遗传学博士快毕业。放眼目前生物研究领域,觉得不学一些生物信息学,以后就是继续在实验室做苦力。打算毕业工作后,开始自学。(女生是不是不该这么用功?)

    做生物信息学,不需要太多生物学背景。有位豆友说得很好,找一个生物学parter,两人共同完成一个project。算法,软件可能都有,但是怎么应用起来分析出数据,这才是最重要的。

  • 雨天

    雨天 2014-02-19 18:54:29

    大家都讨论的很好,很多有用的建议;
    我认为主要由以下几点:
    1、搞生物信息的还是要注重分子生物学方面的知识,有基本的生物学素养,毕竟解决的是生物学问题,可以多看看基因八或者其他分子生物学的书;
    2、看paper可以掌握最新的研究进展
    3、技术层面的话要掌握一门编程语言(python或者perl),还要懂得统计学的知识。

    就我个人来说,分子生物学的知识不是一两月能补充完的,要坚持看,重点在于多理解,加深印象。
    同时需要先掌握一些基本的技术,如:python和R等

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